Anvendelsen af husdyrgødning frem for handelsgødning er forbundet med en merudvaskning af kvælstof, primært i form af nitrat. En del af kvælstoffet i organisk gødning er organisk bundet og skal nedbrydes inden kvælstoffet bliver tilgængeligt for planterne eller for udvaskning. Nitrat er i visse koncentrationer sundhedsskadeligt i drikkevand, og der er derfor bl.a. i forbindelse med grundvand fokus på udvaskning af nitrat fra organisk gødning.
Husdyrreguleringen indeholder en generel beskyttelse mod merudvaskning af nitrat fra organisk gødning til vandmiljøet, herunder til grundvand/drikkevand, bl.a. i kraft af harmonireglerne, der begrænser udbringningen af kvælstof fra husdyrgødning til 170 kg N/ha. Samtidig bidrager kravet i medfør af gødskningsloven om pligtige efterafgrøder på enten 10 pct. eller 14 pct. for jordbrugsvirksomheder, der udbringer henholdsvis under eller over 80 kg N pr. ha, også til den generelle beskyttelse af vandmiljøet.
Miljø- og Fødevareministeriet har udarbejdet et kort, som viser en opgørelse over mængden af uudnyttet nitrat, der er udbragt med handelsgødning og organisk gødning. Sagt med andre ord, så viser kortet den del af den udbragte organiskgødning som er organisk bundet, og som formentlig vil ende som udvasket nitrat. Kortet kan kommunerne bruge til vurdering af om der er behov for en indsats som følge af påvirkning fra husdyrproduktionen.
I henhold til gældende regler kan en kommune kun godkende ansøgninger om husdyrudvidelser, hvis der fra markerne ikke udledes mere kvælstof end, hvad der svarer til et planteavlsbrug.
Egedal: Store husdyrbrug defineres som mindre grundvandstruende og kan placeres inden for Område med Særlige Drikkevandsinteresser (herefter OSD), hvis der er vægtige planlægningsmæssige hensyn, og der ikke findes alternative beliggenheder uden for OSD.
Ballerup: Det er kun en meget lille del af de nitratsårbare områder omkring Ballerup, der omfatter landbrugsjorde, hvor der udbringes kvælstof. De sårbare områder findes hovedsagelig inden for arealtyperne vej, skov, vådområder samt lav bebyggelse.